高新技術企業認定專項審計，是指注冊會計師接受擬向有關部門申請進行高新技術企業認定的申報企業委托，對其近三個會計年度（實際經營不滿三年的按實際經營年限）的研究開發費用結構明細表和近一個會計年度的高新技術產品（服務）收入明細表進行審計，并出具專項審計報告。
如果申報企業近三個會計年度的財務報表（含資產負債表、損益表、現金流量表，實際年限不足三年的按實際經營年限）未經會計師事務所審計，應同時委托進行財務報表審計。
1、凡擬向有關部門申請進行高新技術企業認定的企業，均需要進行高新技術企業認定專項審計。
2、由于高新技術企業資格自頒發證書之日起有效期為三年，期滿前三個月內企業應提出復審申請，不提出復審申請或復審不合格的，其高新技術企業資格到期自動失效。
所以凡擬向有關部門申請進行高新技術企業復審的企業，均需要進行高新技術企業認定專項審計。
認定（復審）合格的高新技術企業，自認定（復審）當年起可依照有關規定，申請享受稅收優惠政策。
新審計包括年度審計和專項審計兩大類，共計5份報告，以25年申報為例：
1.近三年財稅審計報告（3份）
即對企業近三個會計年度（2022、2023、2024年）財務狀況進行審計，如歷史年度已有符合條件的年審報告，申請高新時各提供一份正本即可，無需重新審計。
例外：實際經營不滿三年的企業可按實際經營年限提供。
2.近一年高新收入專項審計（1份）
對企業近一個會計年度的高新技術產品收入、高新技術服務收入明細進行審計，并出具專項審計報告。
3.近三年研發費用專項審計（1份）
對企業近三個會計年度的研發費用明細、結構進行審計，并出具專項審計報告
例外：實際經營不滿三年的企業可按實際經營年限提供。
四、高新技術企業認定專項審計多少錢
1.依據企業資產規模、收入總額、賬務情況及工作量確定審計費用
2.本項為高新認定關聯服務項目，由財務專家及常年合作事務所聯合服務，不單獨提供
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